In der Antike war die Stadt unter den Namen Artacoana bekannt, die vor 600 v. Chr. vom iranischen Stamm der Aria gegründet wurde. Sie war die Hauptstadt der Region Aria und wurde Sitz der gleichnamigen persischen Satrapie.

Sie wurde 330 v. Chr. von Alexander dem Großen erobert. Danach wurde sie neu erbaut und auch die berühmte Zitadelle der Stadt wurde in dieser Zeit errichtet. Nach dem Fall der Seleukiden wurde die Region um Herat von den einheimischen Parthern erobert - von hier aus begann die Gründung des mächtigen Parther-Imperiums.

Mit dem Fall der persischen Sassaniden wurde Herat Teil des muslimischen Kalifats. Später war Herat eine Hauptstadt der Samaniden und entwickelte sich zu einem Zentrum der persischen Kunst, Kultur und Literatur.

Um 1 Tausend n. Chr. wurde sie von den türkischen Ghaznawiden erobert und ungefähr 1100 von den Seldschuken eingenommen. Ab 1175 herrschten in Herat für eine kurze Zeit die einheimischen Ghoriden, bevor die Stadt dann Teil des Khawarazm-Reichs wurde. In dieser Zeit wurde Herat ein wichtiges Zentrum der Herstellung von Metallwaren, besonders Bronze, die häufig mit kunstvollen Einlegearbeiten aus wertvollen Metallen verziert wurden.

1221 wurde sie von den Mongolen erobert und später durch Dschingis Khan zerstört. 1245 wurde die Stadt an die Kart Maliks vergeben.

Um 1381 wurde Herat durch Timur Lenk erneut zerstört. Unter seinem Sohn Schah Rukh wurde sie wieder aufgebaut und zur Hauptstadt Khorassans und des Timuridenreiches erklärt. In dem späten 15. Jahrhundert wurde unter Königin Gauhar Shad der Musalla-Komplex (mit vielen Minaretten) errichtet. (...)

1506 wurde die Stadt von den Usbeken erobert und wenige Jahre später von Ismail Safawi. Herat wurde wieder Teil von Persien und blieb bis zur Eroberung durch die Afghanen eine der wichtigsten Städte der Safawiden in Khorassan.

Zwischen 1718 und 1880 gab es viele Schlachten um Herat, bis die Stadt schließlich in dem Laufe des Great Game, dem politischen Schach der beiden europäischen Kolonialmächte Russland und Großbritannien, Afghanistan zugesprochen wurde. Damit wurde ein Puffergebiet zwischen Russische Förderation und Britisch-Indien festgelegt, was gleichzeitig die Unabhängigkeit Persiens und Afghanistans versicherte.

Schon vor der sowjetischen Invasion Afghanistans Ende 1979 gab es eine umfangreiche Präsenz von sowjetischen Beratern mit ihren Familien in Herat. Vom 10. bis zu dem 20. März meuterte die Armee in der Stadt unter Führung von Ismail Khan und 350 Sowjetbürger wurden getötet. Die Sowjets bombardierten die Stadt, was zu umfangreichen Zerstörungen und zu tausenden Toten führte, und eroberten die Stadt mit Panzern und Fallschirmjägern zurück.

Ismail Khan wurde Mujahedin-Kommandeur und nachdem Abzug der Sowjets Gouverneur von Herat. 1995 wurde Herat von den Taliban erobert. Am 12.11 2001 wurde Herat von der Nordallianz erobert und Ismail Khan kam in der Region wieder an die Macht.